Akademi Theologia Jogjakarta bergabung dengan Sekolah Theologia Bale Wiyata Malang untuk membentuk Sekolah Tinggi Theologia Duta Wacana pada tahun 1962. Pembentukan Sekolah Tinggi Theologia Duta Wacana merupakan jawaban bagi kebutuhan gereja-gereja untuk meningkatkan mutu pendidikan para pelayan jemaatnya. 

Sejak 1982, STTh Duta Wacana bergabung dalam The Assosiation for Theological Education in South East Asia (ATESEA) yang secara regular melakukan akreditasi internasional. Dalam penilaian akreditasinya ATESEA mengakui STTh Duta Wacana sebagai lembaga pendidikan teologi ‘top notch’ di Asia.

Gereja juga semakin memerkokoh dukungannya seperti tampak dari semakin banyaknya gereja yang bergabung menjadi pendukung. Awalnya Sekolah Tinggi Theologia Duta Wacana hanya didukung oleh lima gereja saja yaitu: Gereja Kristen Jawa (GKJ), Gereja Kristen Indonesia Jawa Tengah (GKI Jateng), Greja Kristen Jawi Wetan (GKJW), Gereja Kristen Indonesia Jawa Timur (GKI Jatim), dan Gereja Injili Tanah Jawi (GITJ). Dukungan gereja semakin bertambah dengan bergabungnya Gereja Kristen Indonesia Jawa Barat (GKI Jabar), Gereja Kristen Sumba (GKS), Gereja Kristen Muria Indonesia (GKMI), Gereja Kristen Protestan Bali (GKPB), Gereja Kristen Pasundan (GKP), Gereja Protestan Indonesia Barat (GPIB), dan Gereja Kristen Sumatera Bagian Selatan (GKSBS). Dengan demikian ada 12 Sinode Gereja yang mendukung. Menyadari panggilannya untuk meningkatkan partisipasi dalam bidang pendidikan, gereja-gereja pendukung sepakat untuk mengembangkan Sekolah Tinggi Theologia Duta Wacana menjadi Universitas. Maka secara resmi berdirilah Universitas Kristen Duta Wacana, pada 31 Oktober 1985 walaupun secara operasional sudah mulai berjalan sejak bulan Mei 1985. Dengan pemekaran menjadi universitas maka pengelolaan Program Studi S-1 Teologi dilakukan oleh unit universitas yaitu Fakultas Theologia. 

Pembukaan Program Pasca Sarjana Jurusan Ilmu Theologia UKDW berdasarkan Keputusan Dewan Pengurus Yayasan PTK Duta Wacana Nomor: 027/B.07.c/SK/Yas/VI/1991 tanggal 7 Juni 1991.

Pemberian status disamakan kepada jurusan Theologi Program Studi Theologi untuk jenjang program S1 pada Fakultas Theologi UKDW Yogyakarta berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor 194/DIKTI/KEp/1994 tanggal 9 Juli 1994.

Status Program Studi Doktor Teologi selanjutnya dikukuhkan menjadi program lokal UKDW setelah mendapat Ijin Penyelenggaraan dari Pemerintah RI pada tahun 2010. Ketika SEAGST beralih bentuk menjadi ATESEA Theological Union (ATU) pada tahun 2010, Fakultas Theologia UKDW diakui sebagai ‘Centre of Theological Excellence’ dari ATESEA dan tetap menjadi salah satu home base bagi ATU. Di samping itu, pada tahun 2007 Fakultas Theologia UKDW, bekerjasama dengan Sekolah Pascasarjana Universitas Gadjah Mada dan Program Pascasarjana Universitas Islam Negeri Sunan Kalidjaga, mendirikan Indonesian Consortium for Religious Studies in Yogyakarta (ICRS Yogya) yang menyelenggarakan Program Studi Doctor of Philosophy in Interreligious Studies sebagai program internasional lintas disiplin dan lintas agama. Peresmian ICRS Yogya dilakukan oleh Sri Sultan Hamengku Buwono X di Kraton Yogyakarta.

Memasuki dekade kedua abad XXI semakin disadari pentingnya menyusun kurikulum baru yang kontekstual, sejalan dengan perubahan yang terjadi dalam masyarakat dan keberadaan teologi sebagai ilmu. Jika dahulu kurikulum pendidikan teologi diarahkan untuk mempersiapkan mahasiswa menjadi calon pendeta, pada masa kini teologi mesti terbuka bagi mahasiswa yang tidak berkehendak menjadi pendeta, namun tetap bisa bekerja di berbagai bidang dengan bekal ilmu teologi. Ini tercermin dalam visi, misi, dan tujuan pendidikan Fakultas Teologi UKDW. Karena kurikulum merupakan perangkat penting dalam rangka mencapai visi, misi, dan tujuan pendidikan, maka kurikulum baru ini dirancang dengan pembagian: pendidikan teologi empat tahun untuk ilmu teologi, dan menambah satu tahun untuk program profesional.

Fakultas Teologi juga mempertimbangkan perlunya mendirikan Program Studi Kajian Konflik dan Perdamaian terpisah dari Prodi S-2 Ilmu Teologi dan mengajukan Ijin Penyelenggaraan Program Studi kepada Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan. Ijin Penyelenggaraan Prodi S-2 Kajian Konflik dan Perdamaian dari Dirjen DIKTI terbit pada tanggal 29 April 2014 Nomor 51/E/O/2014. Prodi ini dikelola oleh Fakultas Teologi UKDW dengan 2 bidang minat yaitu Studi Perdamaian (MAPS) dan Teologi Praktis (MAPT).

Prodi S-1 Ilmu Teologi dan Prodi S-2 Ilmu Teologi bidang minat Teologi Interkultural (M.Th.), Teologi Kependetaan (M.Div.), Teologi Praktis (MAPT), serta Studi Perdamaian (MAPS) terakreditasi Internasional ATESEA pada tahun 2014.