Program Profesi Dokter, pada hakekatnya adalah lanjutan dari Program Pendidikan Dokter. Seorang yang sudah bergelar Sarjana Kedokteran, haruslah melanjutkan ke Program Profesi Dokter untuk mendapatkan gelar Dokter. Program Profesi Dokter diselesaikan selam kurang lebih 2 tahun atau 4 semester. Kurikulumnya merupakan kurikulum bentuk ketrampilan Profesi , melalui proses pembelajaran mengikuti “stase” pada 13 bagian Klinik dan Kedokteran Komunitas. Kegiatan di masing masing stase, selain kegiatan ilmiah sesuai tempat stase seperti pembacaan jurnal, diskusi, tuturial, juga dilatihkan kegiatan keterampilan penanganan pasien oleh Dosen Pembimbing Klinik dan Instruktur Klinik. Ujian dilakukan setiap selesai stase dimasing masing bagian. Program Profesi Dokter ini, dilakukan di Rumah Sakit Pendidikan Utama, RS Bethesda dan beberapa Rumah Sakit Jejaring, dan Puskesmas Setelah semua stase diselesaikan, maka mahasiswa harus mengikuti lagi UKMPPD secara nasional, dan bila dinyatakan lulus, maka akan dilakukan Pelantikan dan Pengambilan Sumpah Dokter oleh Dekan.